國教盟持續關注教育體制改革，包括性別平等教育法、實驗教育三法修法、偏鄉公校轉型、弱勢學生權益保障等議題，透過政策分析與倡議推動制度完善。
2023年性平法修法後出現定義混淆、功能過載、程序膨脹三大副作用。國教盟主張釐清概念邊界、建立案件分級分流、讓法律回到教育本位。
全長聯從家長角度指出：孩子沒朝性健康發展、學到的是焦慮、家長被排除在外。主張分齡性健康教育、獨立情感教育、家校合作機制。
學校型態實驗教育128校中公立占93.8%，偏鄉占47.2%。國教盟揭示五大結構性驅動力與「偽實驗」現象，提出十項改革建議。
部分學校以雙語等課程申請實驗教育名義規避特教法，公立實驗校占93.8%，六成家長反映學校拒收身障生。國教盟分析法規漏洞與隱性篩選機制。
美國CREDO 2023年180萬名學生研究；英國學院享高自治權但強問責；德國實驗校全國僅15所。台灣獨特風險：法規排除無退場機制。